在使用消毒剂过程中，必须严格按照说明使用。由于消毒剂其本身就是一种危险品，故不可过度使用。如过氧乙酸是一种强氧化剂，各种微生物对其十分敏感，可将所有微生物杀灭。但因其氧化能力强，高浓度时可刺激、损害皮肤黏膜，腐蚀物品。同时，长期大量使用消毒剂、灭菌剂，会使微生物产生抗药性，灭菌效果大大降低。
日常生活中常用的消毒剂主要有含氯消毒剂，比如大家熟知的84消毒液，这种产品在超市就可以买到，可以用来消毒餐具、桌椅、厕所洁具等物品。一般情况下，居室空气无需使用专门的消毒剂消毒，通风换气是保证居室空气卫生质量的重要措施。确实需要用消毒剂进行杀菌、消毒时，可选择一定浓度的过氧乙酸或过氧化氢喷雾消毒，也可选择臭氧空气消毒机，消毒后还要通风换气。
在使用消毒剂前，必须彻底清除环境中存在的有机物，如粪便、饲料残渣、畜禽分泌物、体表脱落物，以及鼠粪、污水或其它污物。因为这些有机物中藏匿有大量病原微生物；这会消耗或中和消毒剂的有效成分，严重降低了对病原微生物的作用浓度。
同时为了避免消毒谱不广，防止致病菌产生耐药性，须轮换使用消毒剂。
误用中毒后紧急处理
大量吸入：要迅速从有害环境中撤到空气清新处，更换被污染的衣物，洗手和其他暴露皮肤，如大量接触或有明显不适的要尽快的附近的医院就诊。
皮肤：接触高浓度消毒剂后及时用大量流动清水冲洗，用淡肥皂水清洗，如皮肤仍有持续疼痛或刺激症状，要在冲洗后就近去专科医院就诊。
眼：溅入后立即用流动清水持续冲洗不少于15分钟，如仍有严重的眼部疼痛、畏光、流泪等症状，要尽快到附近医院就诊。
误服中毒：对成年人要立即口服不超过200毫升的牛奶，可多次服用。也可服用生蛋清3-5个。一般不要催吐、洗胃。含碘消毒剂中毒可立即服用大量米汤、淀粉浆等。出现严重胃肠道症状者，要立即到附近医院就诊。
